Может ли наниматель жилого помещения выселить другого нанимателя или члена семьи зарегистрированного в квартире, если тот фактически проживает в другом месте?

Да при определенных условиях. Согласно п.4 ст. 69 Жилищного Кодекса РФ, если гражданин перестал быть членом семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма, но продолжает проживать в занимаемом жилом помещении, за ним сохраняются такие же права, какие имеют наниматель и члены его семьи. Таким образом обязательным условием сохранения за бывшем членом семьи нанимателя прав на жилое помещение, является его проживание в нем.

В соответствии с п. 3 ст. 83 Жилищного Кодекса РФ, в случае выезда нанимателя и членов его семьи в другое место жительства договор социального найма жилого помещения считается расторгнутым со дня выезда. Согласно п. 32 Постановления Пленума ВС РФ от 02.07.2009г. №14 «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при применении ЖК РФ», при временном отсутствии нанимателя жилого помещения и (или) членов его семьи, включая бывших членов семьи, за ними сохраняются все права и обязанности по договору социального найма жилого помещения (статья 71 ЖК РФ). … Разрешая споры о признании нанимателя, члена семьи нанимателя или бывшего члена семьи нанимателя жилого помещения утратившими право пользования жилым помещением по договору социального найма вследствие их постоянного отсутствия в жилом помещении по причине выезда из него, судам надлежит выяснять: по какой причине и как долго ответчик отсутствует в жилом помещении, носит ли его выезд из жилого помещения вынужденный характер (конфликтные отношения в семье, расторжение брака) или добровольный, временный (работа, обучение, лечение и т.п.) или постоянный (вывез свои вещи, переехал в другой населенный пункт, вступил в новый брак и проживает с новой семьей в другом жилом помещении и т.п.), не чинились ли ему препятствия в пользовании жилым помещением со стороны других лиц, проживающих в нем … В этих случаях необходимо обратиться в суд по месту нахождения квартиры с иском о признании утратившим право пользования жилым помещением по договору социального найма вследствие постоянного отсутствия в жилом помещении по причине выезда из него, и обязании снятия с регистрационного учета. Если судом будет установлено, что наниматель или член семьи нанимателя зарегистрированный в жилом помещении добровольно и на длительный срок выехал из жилого помещения в другое место то суд удовлетворит эти требования. На практике не будет проблем если выехавший имеет в собственности другое жилое помещение и длительный срок проживает в нем. Если у выехавшего лица других жилых помещений нет, то многое будет зависеть от того при каких обстоятельствах он выехал, и как долго он отсутствует.